LeafYX · Fonctions

Toutes les fonctions, environnement par environnement.

De l’archive des cas au rapport : commandes, options et outils de LeafYX, regroupés comme l’opérateur les trouve dans le programme.

Accéder à Traitement

Principal: Archive des cas, structure du cas, galerie des images
Acquisition: Image en direct, commande du microscope et de la platine, recherche automatique des métaphases
Traitement: Séparation des chromosomes, caryotype manuel et automatique, idéogrammes, compositions
Fusion: Plusieurs prises de vue du même champ pour récupérer les chromosomes restés hors du champ
Comptage et analyse: Comptage des chromosomes et analyse par classe sur la métaphase
FISH: Environnement FISH, avec fluorochromes et sondes

01 Principal

Archive des cas

Le cas est l’unité de travail de l’archive : il contient les lames et, pour chaque lame, les images. Chaque image reste liée à l’endroit d’où elle provient.

Base de données: Microsoft SQL Server Express, sur le poste ou sur un serveur partagé en réseau
Structure: Cas → lames → images
Droits d’accès: Lecture, écriture, administration
Codes-barres: Code128, Code39, Codebar, Interleaved 2 of 5
Échange: Cas, lames et images individuelles (fichiers .cell)

Capture d’écran de LeafYX, environnement Archive : liste des cas, lames du cas sélectionné et tableau des images avec comptage et caryotype. Codes de cas d’exemple. — FIG. 01Archive : liste des cas d’exemple, lames et images du cas sélectionné, tableau avec comptage et caryotype pour chaque image.

Bases de données et archives

Emplacement du serveurLa base de données se trouve sur le poste ou sur un serveur partagé entre plusieurs postes.
Créer une nouvelle archive / Charger une archivePlusieurs archives sur le même poste.
Images sur un autre supportLes dossiers d’images peuvent se trouver sur un disque différent de celui de la base de données.

Fiche et recherches

Fiche du cas configurableLes champs de la fiche se définissent à l’aide d’un modèle ; importation, exportation et impression depuis le menu Fichier.
Vérification des données existantesRecherches et filtres sur les cas, mise à jour de la liste.
Images et PDFAffichage des images associées au cas et des documents PDF liés.

Utilisateurs

Connexion avec un utilisateurAu démarrage, avec des droits distincts de lecture, d’écriture et d’administration.
Gestion des utilisateursDepuis le menu Fichier.
Verrouillage du cas ouvertEn travail multiutilisateur, un cas utilisé par un poste est verrouillé pour les autres.

Archivage et échange

Archivage sur supports amoviblesAvec restauration ; les cas archivés restent consultables comme cas distants et peuvent être compressés.
Exportation et importationDe cas, de lames individuelles et d’images individuelles, pour échanger du matériel entre postes.
Renommage et suppressionDe cas, de lames et d’images ; la suppression demande confirmation et est enregistrée dans le journal.

Codes-barres

Format et affichageIls se choisissent dans les options.
AssociationLe module Recherche de métaphases associe les chiffres du code à un cas, une lame et un profil de balayage.

02 Principal

Structure du cas et galerie

L’arborescence du cas affiche les lames et les images ; la galerie repère chaque vignette par type : métaphase, caryotype, fusion et composition. Un double-clic ouvre le bon environnement : métaphase et caryotype dans Traitement, fusion dans Fusion.

La galerie affiche aussi les images d’origine de la caméra et, pour la FISH, les fluorochromes et les noyaux. Avec le Comptage ouvert, le double-clic reste dans le Comptage.

Arborescence du cas avec navigation « Toutes les lames », « Toutes les images » ou une à la fois.
Affichage de la galerie par image, par lame ou pour l’ensemble du cas.
Tableau d’informations du cas : pour chaque image, chromosomes, comptage, analyse et résultat du caryotype.
Disposition des fenêtres enregistrable par utilisateur, rétablissement de la disposition d’origine et verrouillage des fenêtres.
Environnements de travail en plein écran à 1×, 1,5× et 2×.

Galerie d’un cas d’exemple dans LeafYX : 24 vignettes de métaphases et de caryotypes, chacune avec numéro, coordonnées et sigle du type (M, K, M+F). — FIG. 02Galerie du cas : chaque vignette porte le sigle de son type (M métaphase, K caryotype, M+F métaphase avec fusion).

03 Acquisition

Acquisition

Image en direct de la caméra reliée au microscope, aussi en plein écran, en fond clair, en fluorescence et en FISH.

En fluorescence et en FISH, l’acquisition se fait par fluorochrome, un canal par filtre, avec la carte des fluorochromes et la recomposition en couleur.
Nouvelle image ou images supplémentaires sur l’image sélectionnée, par exemple plusieurs fluorochromes de la même cellule.
Acquisition avec recherche automatique de la mise au point (autofocus).
Réglages de la caméra (exposition, gain, contraste) et profils d’acquisition enregistrés par type de préparation ; exposition automatique avec cibles de luminosité.
Importation d’images depuis le disque pour créer une image ou les ajouter à une image existante.
Traitement à l’acquisition : l’image est séparée en objets, avec contraste automatique en option.
Informations sur chaque image, saisissables au moment de l’acquisition (option).

Modes: Fond clair, fluorescence, FISH
Canaux: Un par fluorochrome, recomposés en couleur
Importation: TIFF, JPEG, BMP, TGA
Seuillage: Manuel, automatique, automatique adaptatif (par objet)
Mise au point: Autofocus

Capture d’écran de l’environnement Acquisition : métaphase en fond clair venant d’être acquise, avec l’aperçu sur le côté. — FIG. 03Environnement Acquisition : à gauche la métaphase en fond clair qui vient d’être acquise, à droite l’aperçu.

04 Acquisition · Module

Recherche de métaphases

Le balayage automatique de la lame avec la platine motorisée, sans l’opérateur au microscope : moins de temps au microscope.

01Balayage
La lame est parcourue à faible grossissement.
02Galerie
Métaphases trouvées avec aperçu, position et score.
03Choix
L’opérateur modifie le score et choisit, avec un zoom sur chaque métaphase.
04Repositionnement
La platine revient sur chaque métaphase choisie pour l’acquisition à fort grossissement.

Modes de recherche en fond clair, en fluorescence et en FISH, avec des réglages séparés.
Changement de lame et centrage des objectifs, c’est-à-dire l’étalonnage entre faible et fort grossissement.
Association par code-barres du cas, de la lame et du profil de balayage.
Les images de la recherche peuvent être supprimées en fin de travail (« Supprimer les images de recherche »).
Distributeur d’huile automatique pour l’objectif à immersion : module optionnel, lié à la clé de licence.

Capture d’écran du module Recherche de métaphases à la fin du balayage : 247 métaphases trouvées, positions sur la lame et galerie des aperçus. — FIG. 04Recherche de métaphases à la fin du balayage : positions sur la lame (à gauche) et galerie des métaphases trouvées.

05 Traitement

Traitement et caryotype

Trois zones : la métaphase, le caryotype et la composition. L’une s’affiche en grand, les deux autres en petit, et elles s’échangent d’un clic.

ZonesMétaphase · Caryotype · Composition
Classes (espèce humaine)24, X et Y comprises
Idéogrammes400, 550 et 850 bandes, aussi en bandes R
AlignementSur la base ou sur le centromère

Sélection

Tout sélectionner / désélectionnerLes chromosomes de la métaphase.
Sélectionner les amasLes groupes de chromosomes accolés.
Exclure / inclure un chromosomeUn objet exclu reste dans le fichier et peut être repris.
Opération automatiqueLe programme décide lui-même s’il faut séparer, diviser ou réunir.

Aspect

FiltresFiltres d’image ; fond et luminosité.
ProfilDensité le long du chromosome.
Mode InverséContraste inversé.
RedressementDes chromosomes courbes ; rétablissement de l’original.

Retouche manuelle

Séparation manuelleCoupe selon une ligne tracée à la souris.
Chevauchement par désignation de pointsSéparation de deux chromosomes qui se chevauchent.
Tracé de l’axeDu chromosome.
JonctionDe deux chromosomes.

Retouche automatique

Séparation automatiqueDes chromosomes accolés.
Séparation de deux chromosomes chevauchantsAutomatique, pour deux chromosomes qui se chevauchent.

Compositions

Planches libresPour rassembler les chromosomes intéressants pris dans la métaphase ou le caryotype.
Fond inversablePlusieurs compositions par image.

Classificateur

Le caryotype automatique utilise un classificateur choisi dans les options ; pour chaque type de bandes Q, G et R, le laboratoire peut entraîner son propre modèle.

Le classificateur entraînable

Accessoires

Couleurs aléatoiresPour distinguer les objets d’un coup d’œil.
GommePour nettoyer le contour d’un chromosome.
Mise à l’échelleDes chromosomes.
Comparaison entre homologuesChromosomes de la même classe côte à côte.
AnnotationsTexte, textes prédéfinis, flèches, lignes, rectangles, cercles ; police et couleur au choix.
IdéogrammesPlanche par classe à 400, 550 et 850 bandes, aussi en bandes R ; l’idéogramme se place à côté du chromosome et se met à son échelle.
AberrationsConstruction d’un chromosome aberrant avec sa formule, qui apparaît comme étiquette sur le caryotype.
Comptage des bandesDu chromosome individuel.

Caryotype

Caryotype automatiqueClassification dans les classes de l’espèce : pour l’espèce humaine, 24 classes, X et Y comprises.
Classification manuelleL’opérateur attribue les chromosomes aux classes ; ceux déjà classés restent en surbrillance.
Déplacer, échanger, pivoter, retournerChaque chromosome, à la verticale et à l’horizontale. Le résultat est toujours contrôlé par l’opérateur.
AlignementSur la base ou sur le centromère, alignement automatique, modification de la position des centromères, mise à l’échelle automatique.
Éditeur d’espècesDisposition du caryotype et classes configurables, y compris pour des espèces autres que l’espèce humaine.

06 Fusion

Fusion

Quand une métaphase a des chromosomes hors du champ, l’opérateur acquiert d’autres prises de vue, les images « F », et les récupère.

La prise de vue et la métaphase sont côte à côte dans l’environnement Fusion.
Les chromosomes manquants se font glisser de la prise de vue vers la métaphase, ou bien se sélectionnent et se transfèrent tous ensemble.
Les chromosomes transférés sont mis en évidence par un cadre et le sigle de la fusion d’origine (F1, F2…).
Si la fusion et la métaphase ont des résolutions différentes, le programme met à l’échelle les chromosomes transférés.
Sur la prise de vue : sélection, séparation automatique et manuelle, jonction, couleurs aléatoires et mode Inversé.

Métaphase d’un cas d’exemple après la fusion : les chromosomes récupérés depuis la prise de vue F1 sont encadrés avec le sigle d’origine. — FIG. 06Après la fusion : les chromosomes récupérés depuis la prise de vue F1 sont encadrés dans la métaphase avec le sigle d’origine.

07 Comptage / Analyse visuelle

Comptage et analyse visuelle

Quand il suffit de compter ou de vérifier les classes, directement sur la métaphase. Le comptage et l’analyse s’enregistrent avec la métaphase et se reprennent ensuite.

Comptage manuel

Un clic par chromosomeChaque clic place une marque ; le total est toujours visible.
Clic droitSur une marque pour la retirer.

Comptage automatique

Une marque par chromosomePour chaque chromosome reconnu, à revoir.

Tri

Du plus grand au plus petitLes chromosomes se disposent en rangée pour mieux les compter, et les marques les suivent.

Analyse visuelle par classe

Attribution en un clicChaque clic attribue le chromosome à la classe choisie dans la colonne de droite.
Classe suivanteTous les deux clics, on passe à la classe suivante : les chromosomes vont par paires.
État de la classeLes boutons changent selon les chromosomes reçus : on voit tout de suite une classe avec un chromosome en moins ou en plus.
Marque « m »Marque les chromosomes non attribuables à une classe.

Aucun
Un, il en manque un
Paire complète
Plus de deux

Capture d’écran de l’environnement Analyse visuelle : métaphase avec les marques rouges du comptage, colonne des classes et encadré avec analyse et comptage. — FIG. 07Analyse visuelle : marques rouges du comptage sur la métaphase, colonne des classes (paires complètes en vert) et totaux d’analyse et de comptage.

08 FISH

FISH

Traitement des images FISH, avec fluorochromes et sondes. Les métaphases et les noyaux se trouvent dans la même galerie du cas.

Acquisition par fluorochrome avec une roue à filtres motorisée et, le cas échéant, un éclairage LED à longueurs d’onde configurables.
Recomposition en couleur des canaux ; couleurs et noms des fluorochromes et des sondes configurables ; choix de la contre-coloration.
Fluorochromes en couleur aussi dans les vignettes de la galerie.
Mesure de la densité optique et évaluation du rapport (ratio) des signaux.
Les outils de Traitement (séparation, caryotype, idéogrammes, compositions) sont aussi disponibles sur les images FISH.

Canaux: Un par fluorochrome, recomposés en couleur
Configurables: Couleurs et noms des fluorochromes et des sondes ; contre-coloration
Mesures: Densité optique ; rapport (ratio) des signaux
Éclairage: LED à longueurs d’onde configurables, le cas échéant

Capture d’écran de l’environnement Traitement sur une image FISH : canaux FITC et Orange recomposés en couleur sur la contre-coloration DAPI, nom de la sonde sur l’image et, dans la galerie, l’image composite et chaque fluorochrome. — FIG. 08FISH dans Traitement : canaux FITC et Orange recomposés en couleur sur la contre-coloration DAPI ; dans la galerie, l’image composite et chaque fluorochrome.

09 Rapport · Options

Rapport, impression et productivité

Le résultat va dans le rapport et reste dans le cas. Les macros et les raccourcis réduisent les étapes des opérations les plus fréquentes.

Rapport

Rapports personnalisablesAvec images, caryotype et données du cas.
Panneau de commandeAperçu, impression, réglage de l’imprimante, feuille de travail.

Impression et exportation

Impression rapide au clavierDe l’image ou de toute la lame, sans ouvrir le panneau.
Enregistrement en PDFPendant l’impression (option), avec la possibilité d’omettre les images sans contenu.
Image affichéeEnregistrement en JPEG ou BMP.

Productivité

MacrosEnregistrement et réexécution des séquences de commandes les plus fréquentes.
Commandes clavier personnalisablesChaque bouton peut avoir son raccourci.

Langues

Italien, anglais, français, allemandLe programme utilise la langue du système d’exploitation. D’autres langues peuvent être ajoutées sur demande.

Options

Pages

Aperçu avant impression d’un rapport LeafYX avec le caryotype d’un cas d’exemple. — FIG. 09Aperçu avant impression : rapport d’un cas d’exemple avec les données du cas et le caryotype.

10 Pour continuer

En savoir plus.

Classificateur

Un classificateur qui apprend de vos caryotypes.

Listes d’entraînement, jeux de données et modèles par type de bandes Q, G et R, construits sur le poste.

Découvrir le classificateur Configuration

Instruments et modules sur mesure.

Microscope, platine, mise au point, roues à filtres et caméra ; modules activés par la clé matérielle.

Voir la configuration

Pour usage de recherche uniquement.

LeafYX est un logiciel pour la recherche en cytogénétique. Pour usage de recherche uniquement (RUO) : ce n’est pas un dispositif médical et il n’est pas destiné à un usage diagnostique.

Les fonctions automatiques produisent des propositions : séparation, classification, caryotype et comptage restent sous la vérification de l’opérateur.

Démo

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