LeafYX · Funzioni

Tutte le funzioni, ambiente per ambiente.

Dall'archivio dei casi al report: comandi, opzioni e strumenti di LeafYX, raccolti come li trova l'operatore nel programma.

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Principale: Archivio dei casi, struttura del caso, galleria delle immagini
Acquisizione: Immagine dal vivo, comando di microscopio e tavolino, ricerca automatica delle metafasi
Elaborazione: Separazione dei cromosomi, cariotipo manuale e automatico, ideogrammi, composizioni
Fusione: Più riprese dello stesso campo per recuperare i cromosomi rimasti fuori
Conta e analisi: Conta dei cromosomi e analisi per classe sulla metafase
FISH: Ambiente FISH, con fluorocromi e sonde

01 Principale

Archivio dei casi

Il caso è l'unità di lavoro dell'archivio: contiene i vetrini e, per ogni vetrino, le foto. Ogni immagine resta legata al punto da cui viene.

Database: Microsoft SQL Server Express, sulla postazione o su un server condiviso in rete
Struttura: Caso → vetrini → foto
Permessi: Lettura, scrittura, amministrazione
Codici a barre: Code128, Code39, Codebar, Interleaved 2 of 5
Scambio: Casi, vetrini e singole foto (file .cell)

Schermata di LeafYX, ambiente Archivio: elenco dei casi, vetrini del caso selezionato e tabella delle foto con conta e cariotipo. Codici dei casi di esempio. — FIG. 01Archivio: elenco dei casi di esempio, vetrini e foto del caso selezionato, tabella con conta e cariotipo per ogni foto.

Database e archivi

Posizione del serverIl database sta sulla postazione o su un server condiviso fra più postazioni.
Crea nuovo archivio / Carica archivioPiù archivi sulla stessa postazione.
Immagini su un'altra unitàLe cartelle delle immagini possono stare su un disco diverso da quello del database.

Scheda e ricerche

Scheda del caso configurabileI campi della scheda si definiscono con un modello; importazione, esportazione e stampa dal menu File.
Controllo dati esistentiRicerche e filtri sui casi, aggiornamento della lista.
Immagini e PDFVisualizzazione delle immagini associate al caso e dei documenti PDF collegati.

Utenti

Accesso con utenteAll'avvio, con permessi distinti di lettura, scrittura e amministrazione.
Gestione utentiDal menu File.
Blocco del caso apertoIn lavoro multiutente un caso in uso da una postazione è bloccato per le altre.

Archiviazione e scambio

Archiviazione su unità rimovibiliCon ripristino; i casi archiviati restano consultabili come casi remoti e si possono comprimere.
Esportazione e importazioneDi casi, singoli vetrini e singole foto, per scambiare materiale fra postazioni.
Rinomina ed eliminazioneDi caso, vetrini e foto; l'eliminazione chiede conferma ed è registrata nel diario.

Codici a barre

Formato e visualizzazioneSi scelgono nelle opzioni.
AssociazioneIl Ricercatore di metafasi associa le cifre del codice a caso, vetrino e profilo di scansione.

02 Principale

Struttura del caso e galleria

L'albero del caso mostra vetrini e foto; la galleria contrassegna ogni miniatura per tipo: metafase, cariotipo, fusione e composizione. Un doppio clic apre l'ambiente giusto: metafase e cariotipo in Elaborazione, fusione in Fusione.

Nella galleria compaiono anche le immagini originali della telecamera e, per la FISH, i fluorocromi e i nuclei. Con la Conta aperta, il doppio clic resta nella Conta.

Albero del caso con navigazione «Tutti i vetrini», «Tutte le foto» o una alla volta.
Vista della galleria per foto, per vetrino o per l'intero caso.
Tabella informativa del caso: per ogni foto cromosomi, conta, analisi e risultato del cariotipo.
Disposizione delle finestre salvabile per utente, ripristino della disposizione originale e blocco delle finestre.
Ambienti di lavoro a schermo intero a 1×, 1,5× e 2×.

Galleria di un caso di esempio in LeafYX: 24 miniature di metafasi e cariotipi, ciascuna con numero, coordinate e sigla del tipo (M, K, M+F). — FIG. 02Galleria del caso: ogni miniatura porta la sigla del tipo (M metafase, K cariotipo, M+F metafase con fusione).

03 Acquisizione

Acquisizione

Immagine dal vivo della telecamera collegata al microscopio, anche a schermo intero, in campo chiaro, fluorescenza e FISH.

In fluorescenza e FISH l'acquisizione è per fluorocromo, un canale per filtro, con la mappa dei fluorocromi e la ricomposizione a colori.
Nuova foto oppure altre immagini sulla foto selezionata, per esempio più fluorocromi della stessa cellula.
Acquisizione con ricerca automatica del fuoco (autofuoco).
Regolazioni della telecamera (esposizione, guadagno, contrasto) e profili di acquisizione salvati per tipo di preparato; esposizione automatica con obiettivi di luminosità.
Importazione di immagini da disco per creare una foto o aggiungerle a una esistente.
Elaborazione all'acquisizione: l'immagine viene separata in oggetti, con contrasto automatico opzionale.
Informazioni sulla singola foto inseribili al momento dell'acquisizione (opzione).

Modalità: Campo chiaro, fluorescenza, FISH
Canali: Uno per fluorocromo, ricomposti a colori
Importazione: TIFF, JPEG, BMP, TGA
Sogliatura: Manuale, automatica, automatica adattativa (per singolo oggetto)
Fuoco: Autofuoco

Schermata dell'ambiente Acquisizione: metafase in campo chiaro appena acquisita, con l'anteprima a lato. — FIG. 03Ambiente Acquisizione: a sinistra la metafase appena acquisita in campo chiaro, a destra l'anteprima.

04 Acquisizione · Modulo

Ricercatore di metafasi

La scansione automatica del vetrino col tavolino motorizzato, senza l'operatore al microscopio: meno tempo al microscopio.

01Scansione
Il vetrino viene percorso a basso ingrandimento.
02Galleria
Metafasi trovate con anteprima, posizione e punteggio.
03Scelta
L'operatore modifica il punteggio e sceglie, con zoom sulla singola metafase.
04Riposizionamento
Il tavolino torna su ogni metafase scelta per l'alto ingrandimento.

Modalità di ricerca in campo chiaro, fluorescenza e FISH, con impostazioni separate.
Cambio vetrino e centratura degli obiettivi, cioè la calibrazione fra basso e alto ingrandimento.
Associazione tramite codice a barre di caso, vetrino e profilo di scansione.
Le immagini della ricerca si possono eliminare a fine lavoro («Elimina immagini ricerca»).
Dispensatore automatico d'olio per l'obiettivo a immersione: modulo opzionale, legato alla chiave di licenza.

Schermata del Ricercatore di metafasi a scansione terminata: 247 metafasi trovate, posizioni sul vetrino e galleria delle anteprime. — FIG. 04Ricercatore di metafasi a scansione terminata: posizioni sul vetrino (a sinistra) e galleria delle metafasi trovate.

05 Elaborazione

Elaborazione e cariotipo

Tre aree: la metafase, il cariotipo e la composizione. Una sta in grande, le altre due in piccolo, e si scambiano con un clic.

AreeMetafase · Cariotipo · Composizione
Classi (specie umana)24, X e Y comprese
Ideogrammi400, 550 e 850 bande, anche in bande R
AllineamentoAlla base o sul centromero

Selezione

Seleziona / deseleziona tuttiI cromosomi della metafase.
Seleziona agglomeratiI gruppi di cromosomi attaccati.
Escludi / includi cromosomaUn oggetto escluso resta nel file e si può riprendere.
Operazione automaticaIl programma decide da sé se separare, dividere o unire.

Aspetto

FiltriFiltri d'immagine; sfondo e luminosità.
ProfiloDensità lungo il cromosoma.
Modalità ReverseContrasto invertito.
RaddrizzamentoDei cromosomi curvi; ripristino dell'originale.

Editing manuale

Separazione manualeTaglio con una linea tracciata col mouse.
Sovrapposti indicando i puntiSeparazione di due cromosomi sovrapposti.
Disegno dell'asseDel cromosoma.
UnioneDi due cromosomi.

Editing automatico

Separazione automaticaDei cromosomi a contatto.
Separazione di due sovrappostiAutomatica, per due cromosomi sovrapposti.

Composizioni

Tavole liberePer raccogliere i cromosomi interessanti presi da metafase o cariotipo.
Sfondo invertibilePiù composizioni per foto.

Classificatore

Il cariotipo automatico usa un classificatore scelto nelle opzioni; per ogni bandeggio Q, G e R il laboratorio può addestrare un proprio modello.

Il classificatore addestrabile

Accessori

Colori casualiPer distinguere gli oggetti a colpo d'occhio.
GommaPer pulire il contorno di un cromosoma.
ScalaturaDei cromosomi.
Confronto tra omologhiCromosomi della stessa classe a confronto.
AnnotazioniTesto, testi predefiniti, frecce, linee, rettangoli, cerchi; carattere e colore a scelta.
IdeogrammiTavola per classe a 400, 550 e 850 bande, anche in bande R; l'ideogramma si affianca al cromosoma e si scala su di esso.
AnomalieCostruzione di un cromosoma anomalo con la sua formula, che compare come etichetta sul cariotipo.
Conta delle bandeDel singolo cromosoma.

Cariotipo

Cariotipo automaticoClassificazione nelle classi della specie: per la specie umana 24 classi, X e Y comprese.
Classificazione manualeL'operatore assegna i cromosomi alle classi; quelli già classificati restano evidenziati.
Sposta, scambia, ruota, ribaltaOgni cromosoma, in verticale e in orizzontale. Il risultato è sempre controllato dall'operatore.
AllineamentoAlla base o sul centromero, auto-allineamento, modifica della posizione dei centromeri, scalatura automatica.
Editor di specieLayout del cariotipo e classi configurabili, anche per specie diverse da quella umana.

06 Fusione

Fusione

Quando una metafase ha cromosomi fuori dal campo, l'operatore acquisisce altre riprese, le immagini «F», e li recupera.

Ripresa e metafase stanno affiancate nell'ambiente Fusione.
I cromosomi mancanti si trascinano dalla ripresa alla metafase, oppure si selezionano e si trasferiscono tutti insieme.
I cromosomi trasferiti sono evidenziati con un riquadro e la sigla della fusione di provenienza (F1, F2…).
Se fusione e metafase hanno risoluzioni diverse, il programma riscala i cromosomi trasferiti.
Sulla ripresa: selezione, separazione automatica e manuale, unione, colori casuali e Reverse.

Metafase di un caso di esempio dopo la fusione: i cromosomi recuperati dalla ripresa F1 sono riquadrati con la sigla di provenienza. — FIG. 06Dopo la fusione: i cromosomi recuperati dalla ripresa F1 sono riquadrati nella metafase con la sigla di provenienza.

07 Conta / Analisi visiva

Conta e analisi visiva

Quando basta contare o verificare le classi, direttamente sulla metafase. Conta e analisi si salvano con la metafase e si riprendono in seguito.

Conta manuale

Un clic per cromosomaOgni clic mette un segno; il totale è sempre visibile.
Clic destroSu un segno per toglierlo.

Conta automatica

Un segno per cromosomaPer ogni cromosoma riconosciuto, da rivedere.

Ordinamento

Dal più grande al più piccoloI cromosomi si dispongono in fila per contarli meglio, e i segni li seguono.

Analisi visiva per classe

Assegnazione con un clicOgni clic assegna il cromosoma alla classe scelta nella colonna a destra.
Classe successivaOgni due clic si passa alla classe successiva: i cromosomi sono a coppie.
Stato della classeI pulsanti cambiano in base ai cromosomi ricevuti: si vede subito una classe con un cromosoma in meno o in più.
Segno «m»Marca i cromosomi non attribuibili a una classe.

Nessuno
Uno, ne manca uno
Coppia completa
Più di due

Schermata dell'ambiente Analisi visiva: metafase con i segni rossi della conta, colonna delle classi e riquadro con analisi e conta. — FIG. 07Analisi visiva: segni rossi della conta sulla metafase, colonna delle classi (in verde le coppie complete) e totale di analisi e conta.

08 FISH

FISH

Elaborazione delle immagini FISH, con fluorocromi e sonde. Metafasi e nuclei stanno nella stessa galleria del caso.

Acquisizione per fluorocromo con ruota filtri motorizzata e, dove presente, illuminazione LED a lunghezze d'onda configurabili.
Ricomposizione a colori dei canali; colori e nomi dei fluorocromi e delle sonde configurabili; scelta del counterstain.
Fluorocromi a colori anche nelle miniature della galleria.
Misura della densità ottica e valutazione del rapporto (ratio) fra segnali.
Gli strumenti di Elaborazione (separazione, cariotipo, ideogrammi, composizioni) sono disponibili anche sulle immagini FISH.

Canali: Uno per fluorocromo, ricomposti a colori
Configurabili: Colori e nomi di fluorocromi e sonde; counterstain
Misure: Densità ottica; ratio fra segnali
Illuminazione: LED a lunghezze d'onda configurabili, dove presente

Schermata dell'ambiente Elaborazione su un'immagine FISH: canali FITC e Orange ricomposti a colori sul counterstain DAPI, nome della sonda sull'immagine e, nella galleria, l'immagine composta e i singoli fluorocromi. — FIG. 08FISH in Elaborazione: canali FITC e Orange ricomposti a colori sul counterstain DAPI; nella galleria, l'immagine composta e i singoli fluorocromi.

09 Report · Opzioni

Report, stampa e produttività

Il risultato va nel report e resta nel caso. Macro e scorciatoie riducono i passaggi delle operazioni più frequenti.

Report

Report personalizzabiliCon immagini, cariotipo e dati del caso.
Pannello di controlloAnteprima, stampa, impostazione della stampante, foglio di lavoro.

Stampa ed esportazione

Stampa rapida da tastieraDella foto o di tutto il vetrino, senza aprire il pannello.
Salvataggio in PDFDurante la stampa (opzione), con la possibilità di omettere le foto senza immagini.
Immagine visualizzataSalvataggio in JPEG o BMP.

Produttività

MacroRegistrazione e riesecuzione delle sequenze di comandi più frequenti.
Comandi da tastiera personalizzabiliOgni pulsante può avere la sua scorciatoia.

Lingue

Italiano, inglese, francese, tedescoIl programma usa la lingua del sistema operativo. Altre lingue possono essere aggiunte su richiesta.

Opzioni

Pagine

Anteprima di stampa di un report di LeafYX con il cariotipo di un caso di esempio. — FIG. 09Anteprima di stampa: report di un caso di esempio con i dati del caso e il cariotipo.

10 Continua

Approfondisci.

Classificatore

Un classificatore che impara dai tuoi cariotipi.

Liste di addestramento, dataset e modelli per bandeggio Q, G e R, costruiti sulla postazione.

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Strumentazione e moduli su misura.

Microscopio, tavolino, fuoco, ruote filtri e telecamera; moduli abilitati dalla chiave hardware.

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Solo per uso di ricerca.

LeafYX è un software per la ricerca in citogenetica. Solo per uso di ricerca (RUO): non è un dispositivo medico e non è destinato a uso diagnostico.

Le funzioni automatiche producono proposte: separazione, classificazione, cariotipo e conta restano sotto la verifica dell'operatore.

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